A Escola Básica dos 2º e 3º Ciclos de Santo António, surge na sequência da reestruturação da rede escolar do Ensino Básico na Região. Em Fevereiro de 1996 é criada a Escola Básica da Madalena, situada na freguesia de Santo António, Funchal, que entra em funcionamento no ano escolar de 1996/97, em substituição da Escola Preparatória da Achada, que é extinta em 31 de Agosto de 1996.

Apesar de cria da em portaria, em Fevereiro de 1996, a Escola só começou a sua atividade no ano letivo 1997/1998, tendo sido inaugurada em 15 de Outubro de 1997, com turmas dos 2º e 3º ciclos.

Designava-se então Escola Básica da Madalena, tendo por Comissão Instaladora as professoras Maria dos Milagres Freitas, Dária Ferreira e Olga Dantas.

Mais tarde, no ano letivo 1998/1999, a Escola passou a chamar-se Escola Básica dos 2º e 3º Ciclos de Santo António, para, em Setembro de 1999, tomar o nome de Escola Básica de Santo António. No ano letivo 2006/2007 volta novamente a chamar-se Escola Básica dos 2º e 3º Ciclos de Santo António.

Posteriormente, em 2 de julho de 2018, a Portaria n.º 207/2018 determinou que a Escola Básica dos 2º e 3º ciclos de Santo António assumiria as atribuições da extinta Escola Básica dos 1.º, 2.º e 3.º Ciclos com Pré-escolar do Curral das Freiras, passando a designar-se como Escola Básica com Pré-escolar de Santo António e Curral das Freiras e funcionando em 2 edifícios: o de maior dimensão e com maior número de alunos situado na freguesia de Santo António, concelho do Funchal, e o outro na freguesia do Curral das Freiras, concelho de Câmara de Lobos.
Refira-se que, de 1997 até ao ano letivo de 2008-2009, a Escola garantiu a frequência dos 2º e 3º Ciclos aos alunos oriundos da freguesia do Curral das Freiras, os quais passaram a frequentar, em 2009, a então criada Escola Básica dos 2º e 3º Ciclos do Curral das Freiras.